Bilkent Bilgisayar Mühendisliği öğretim üyelerinin araştırma ilgi alanları ve çalışmaları bilgisayar bilimleri ve mühendisliğinin aşağıdaki ana alanlarındadır.
- Yapay Zeka ve Makine Öğrenmesi
- Biyoinformatik ve Tıbbi Uygulamalar
- Bilgisayar Grafiği ve Görselleştirme
- Bilgisayar Sistemleri, Ağlar, ve Güvenlik
- Bilgisayarla Görü
- Veri Bilimi
- Programlama Sistemleri ve Yazılım Mühendisliği
- Bilgisayar Teorisi ve Bilimsel Hesaplama